После брачных игр семейные пары устраивают гнезда. Некоторая часть крохалей гнездятся на крутых берегах Байкала в скальных нишах и выбоинах, под нависшим берегом, в лесовалах под вывороченными корневищами, в дуплах деревьев. Основная масса крохалей откочевывает на горные таежные реки, впадающие в Байкал. Здесь они гнездятся в каменных россыпях, скалах, в больших завалах деревьев в поймах рек, под корневищами.
В строительстве гнезд и выкармливании птенцов самцы участия не принимают. Они группируются в стаи и отлетают на линьку в укромные местечки Байкала.
Самка откладывает 7 - 18 яиц и насиживает их в течение месяца. В процессе насиживания она выщипывает пух на своем брюшке и устилает им гнездо. Вылупившиеся птенцы некоторое время находятся в гнезде, а окрепнув, продвигаются вслед за матерью к водоему, порой на значительное расстояние. Спасаясь от хищников, они могут стремительно убегать по глади воды, часто взмахивая крылышками и перебирая лапками. В критический момент ныряют и долго не показываются на поверхности.
К концу лета выводки, кормясь рыбой, моллюсками и водными насекомыми, постепенно продвигаются по течению рек к Байкалу. Формирование стай и отлет происходят в сентябре - октябре.