Гнездится гагара на сравнительно крупных озерах, как в лесном поясе вплоть до гольцовых (горных) озер, так и в дельтах рек. Гнездо устраивает из прошлогодней травы или водорослей, плотно их утрамбовывая. Располагает его на низких заболоченных берегах, в непосредственной близости от воды. В кладке 2 яйца. По цвету они похожи на яйца краснозобой гагары, но несколько крупнее. Интервал между откладыванием яиц 24 - 48 часов. Насиживают их и самка, и самец в течение 28 - 30 дней. После вылупления птенцы двое - трое суток остаются в гнезде. Самостоятельно начинают добывать корм в возрасте 60 - 70 дней. Примерно в эти же сроки начинают летать и, покидая гнездовое озеро, переходят к самостоятельной жизни. Питаются чернозобые гагары преимущественно рыбой. На кормежке могут образовывать небольшие стаи. Осенний пролет выражен слабо. Отдельные птицы встречаются на Байкале до двадцатых чисел октября.
Кладки чернозобой гагары страдают от крупных чаек. Основная же причина сокращения численности и гнездового ареала этой птицы на Байкале - фактор беспокойства, который она испытывает со стороны рыбаков, охотников, туристов.