На Байкал зимородок прилетает в начале третьей декады мая. Объединившись в пары, птицы роют на обрывистом берегу гнездовые норы или занимают старые. Нора имеет слегка наклонный ход длиной 40 - 100 см с расширением в конце, там располагается гнездо.
Яйца откладывают в конце мая - начале июня в гнездовую камеру без подстилки или на скудную подстилку из сухой травы. В повторно используемых гнездах подстилкой служат кости и чешуя мелких рыб - остатки прежней пищи. В полной кладке 5 - 7 блестяще - белых яиц почти шаровидной формы. Насиживают их оба партнера после завершения яйцекладки. Птенцы появляются через 18 - 20 дней. Кормит их самка в первое время водными насекомыми, а спустя 5 - 7 дней - мелкой рыбой длиной не более 4 - 6 см.
Вылет птенцов начинается в конце июня - первой декаде июля. Первое время птицы держатся семьями, и самка продолжает подкармливать молодых, пока они не научатся самостоятельно добывать пищу. Отлет проходит незаметно в первой декаде сентября.
Зимородок ущерба рыбному хозяйству не приносит, так как численность его совсем небольшая. Как редкий вид, украшающий нашу природу, должен быть сохранен.